وكان الشقوري قد اعتقل في دجنبر 2001 بأفغانستان للاشتباه في علاقته بتنظيم القاعدة، وبعد تسليمه للسلطات المغربية في شتنبر 2015، تم إيداعه في 23 شتنبر 2015 بالمركب السجني بسلا .
وبعد الاستماع إليه تفصيليا، أمر قاضي التحقيق بالمحكمة ذاتها ، بمتابعته في حالة سراح مؤقت وذلك استجابة لملتمس دفاعه.